Analysis of Transcriptome Changes in Response to Heavy Metals Using Self-Organizing Maps

Arman Simonyan; Ani Stepanyan

Download

Title: Analysis of Transcriptome Changes in Response to Heavy Metals Using Self-Organizing Maps

Number:

ISSN:

2579-2903

Official URL:

click here to follow the link

Additional Information:

click here to follow the link

Other title:

Ծանր մետաղների ազդեցության տակ տրանսկրիպտոմային փոփոխությունների հետազոտություն ինքնակառավարվող քարտեզների օգնությամբ; Исследование транскриптомных изменений под воздействием тяжелых металлов с помощью самоорганизующихся карт

Coverage:

14-20

Abstract:

In this study, we have performed self-organizing maps (SOM)-based clustering and functional annotation of gene expression in hepatoma cell lines exposed to cadmium, nickel and arsenic using publicly available microarray data. The results show that cadmium and nickel exposure is associated with overexpression of genes related to hypoxia and oxidative stress response, while arsenic causes up-regulation of tumorigenesis related pathways. This data suggests that changes in gene expression profiles upon exposure highly depend on the type of heavy metal. Տվյալ աշխատանքում իրականացվել է հեպատոմայի բջջային կուլտուրաներում նիկելի, կադմիումի և արսենի ազդեցության ուսումնասիրություն: Այս նպատակով առկա կենսաչիպերով չափված գեների էքսպրեսիայի տվյալները խմբավորվել և ֆունկցիոնալ վերլուծության ենթարկվել են ինքնակառավարվող քարտեզների ալգորիթմի օգնությամբ: Արդյունքները ցույց են տվել, որ նիկելը և կադմիումը առաջացնում են հիպօքսիայի և օքսիդատիվ սթրեսի հետ ասոցացված գեների էքսպրեսիայի մակարդակի բարձրացում, մինչդեռ արսենը ակտիվացնում է քաղցկեղածին պրոցեսները: Այսպիսով՝ ստացված արդյունքները վկայում են, որ գեների էքսպրեսիայի փոփոխությունները խիստ կերպով կախված են ծանր մետաղի տեսակից: В данной работе было проведено исследование влияния никеля, кадмия и мышьяка на экспрессию генов в культуре клеток гепатомы. С этой целью была проведена кластеризация и функциональная аннотация данных глобальной экспрессии генов с помощью алгоритма самоорганизующихся карт. Результаты показали, что под действием никеля и кадмия наблюдается гиперэкспрессия генов, связанных с гипоксией и оксидативным стрессом, тогда как под действием мышьяка происходит активирование путей, связанных с опухолеобразованием. Таким образом, полученные данные указывают на специфичность изменений экспрессии генов в зависимости от природы тяжелого металла.

Publisher:

ՀՀ ԳԱԱ հրատ.

Date created:

2019-11-10

Format:

pdf

Identifier:

oai:arar.sci.am:105087

Location of original object:

ՀՀ ԳԱԱ Հիմնարար գիտական գրադարան

Subject and keywords:

Science Chemistry Natural history Biology Սիմոնյան Արման Ստեփանյան Անի Симонян Арман Степанян Ани Self-organizing map gene expression data functional annotation carcinogenesis hepatoma cell line HepG2

Object collections:

Digital Library > Articles

Last modified:

Dec 8, 2023

In our library since:

Mar 22, 2020

Number of object content hits:

All available object's versions:

https://arar.sci.am/publication/115196

Show description in RDF format:

RDF

Show description in OAI-PMH format:

OAI-PMH

ՀՀ ԳԱԱ Շարունակական հրատարակություններ

Edition name	Date
Analysis of Transcriptome Changes in Response to Heavy Metals Using Self-Organizing Maps	Dec 8, 2023

Object

Title: Analysis of Transcriptome Changes in Response to Heavy Metals Using Self-Organizing Maps

Creator:

Type:

Journal or Publication Title:

Date of publication: