Publication Details:
Լույս է տեսնում 1966 թվականից՝ տարին 4 անգամ։
Journal or Publication Title:
ՀՀ ԳԱԱ Տեղեկագիր: Ֆիզիկա = Proceedings of the NAS RA: Physics
Date of publication:
Volume:
Number:
Official URL:
Additional Information:
Title:
Термодинамика перехода порядок‒беспорядок в двуспиральной структуре ДНК в присутствии CoTAllPyP4
Other title:
ԴՆԹ-ի կրկնակի պարույրաձև կառուցվածքում կարգ-անկարգավորություն անցման թերմոդինամիկան CoTAllPyP4-ի առկայությամբ ; Thermodynamics of the Order-Disorder Transition in the Double-Helical Structure of DNA in the Presence of CoTAllPyP4
Creator:
Ананян, Г. В. ; Вардеванян, П. О. ; Карапетян, Н. Г.
Contributor(s):
Պատ․ խմբ․՝ Գ․ Մ․ Ղարիբյան (1966-1992) ; Գլխ․ խմբ․՝ Վ․ Մ․ Հարությունյան (1993-2021) ; Կ․ Մ․ Ղամբարյան (2022-)
Subject:
Coverage:
Abstract:
Определение термодинамических параметров перехода молекулы ДНК из высокоупорядоченной двуспиральной конформации в неупорядоченное клубкообразное состояние в присутствии лигандов имеет ключевую роль в понимании структурных особенностей комплексообразования. Для определения энтальпии ΔH и энтропии ΔS перехода спираль‒клубок обычно применяется метод калориметрии. В данной работе эти параметры были определены с использованием альтернативного метода — УФ спектрофотометрического плавления. Были получены значения температуры и интервала плавления (Tm и T) комплексов ДНК с водорастворимым катионным Co(II)-мезо-тетра(4-N-аллилпиридил) порфирином (CoTAllPyP4). Показано, что энтальпия перехода спираль‒клубок ДНК при комплексообразовании с CoTAllPyP4 является эндотермической, что обусловлено как разрывом водородных связей между нуклеотидными парами, так и высвобождением молекул порфирина с поверхности двойной спирали ДНК. Энтропийный вклад положителен, поскольку система становится более неупорядоченной.
Լիգանդների առկայությամբ ԴՆԹ-ի բարձր կարգավորված կրկնակի պարուրաձև կոնֆորմացիայից անկարգավորված կծիկանման վիճակի անցման թերմոդինամիկական պարամետրերի որոշումը կարևոր է կոմպլեքսագոյացման կառուցվածքային առանձնահատկությունները հասկանալու համար: Այս պարամետրերը որոշելու համար սովորաբար օգտագործվում է կալորիամետրիկ մեթոդը: Աշխատանքում ուսումնասիրվել են ջրալույծ կատիոնային Co(II)-մեզոտետրա(4-N-ալիլպիրիդիլ)պորֆիրինի (CoTAllPyP4) հետ ԴՆԹ-ի փոխազդեցության թերմոդինամիկական առանձնահատկությունները թերմոդինամիկական պարամետրերի որոշման ալտերնատիվ՝ ՈւՄ-հալման սպեկտրոֆոտոմետրիկ մեթոդը: ԴՆԹ-CoTАllPyP4 կոմպլեքսների պարույր-կծիկ անցման էնթալպիան ΔH և էնտրոպիան ΔS որոշվել են փորձնականորեն ստացված հալման ջերմաստիճանի և հալման միջակայքի արժեքների (Tm և ΔT) միջոցով: Ցույց է տրվել, որ կոմպլեքսագոյացումը էնդոթերմիկ է՝ պայմանավորված ինչպես ջրածնային կապերի խզմամբ, այնպես էլ ԴՆԹ- ի կրկնակի պարույրի մակերևույթից CoTАllPyP4 պորֆիրինային մոլեկուլների արտազատմամբ: Էնտրոպիկ ներդրումը դրական է, քանի որ համակարգը դառնում է ավելի անկարգավորված:
Determining the thermodynamic parameters of the DNA transition from a highly ordered double-helical conformation to a disordered coiled state in the presence of ligands is key to understanding the structural features of complex formation. Calorimetry is commonly used to determine the enthalpy ΔH and entropy ΔS of the helix-coil transition. In this study, these parameters were determined using an alternative method: UV spectrophotometric melting. The melting temperature and melting range (Tm and ΔT) of DNA complexes with water-soluble cationic Co(II)-meso-tetra(4-N-allylpyridyl)porphyrin (CoTAllPyP4) were obtained. The enthalpy of the helix-coil transition during complex formation with CoTAllPyP4 was shown to be endothermic, which is caused by both the rupture of hydrogen bonds between nucleotide pairs and the release of porphyrin molecules from the surface of the DNA double helix. The entropic contribution is positive because the system becomes more disordered.