Simulation of BRCA1 & 2 case-control mutation screening as an approach to characterize intermediate-risk susceptibility genes - Babikyan, D. T. (ՀՀ ԳԱԱ հրատ.)
While high-risk susceptibility genes are traditionally found and/or analyzed by linkage analysis-related methods, the case-control association study-based methods are used to assess candidate-modest risk genes. At least a subset of these intermediate-risk genes can be assessed in a case-control mutation screening format using pooled evidence from a set of genetic variants that are intrinsically likely to alter gene function, comprised of a mix of truncating, splice junction, missense and regulatory variants selected via explicit analysis-based criteria. In the present study a systematic approach to assembling such a TSMR pool and use BRCA1 and BRCA2 mutation screening data in simulated tests of association to demonstrate the utility of the TSMR pool/case-control mutation screening strategy.Եթե բարձր նախատրամադրվածության գեները սովորաբար բացահայտվում և ուսումնասիրվում են շղթայակցման վերլուծության մեթոդներով, ապա դեպք-ստուգիչ ասոցիացիոն հետազոտության վրա հիմնված մեթոդները կիրառվում են միջին ռիսկի գեների գնահատման նպատակով: Միջին ռիսկայնության գեների մի մասը կարող են հետազոտվել դեպք-ստուգիչ մուտացիոն սկրինինգի եղանակով, այդ նպատակով կիրառելով այդ գեներում բացահայտված և գենի ֆունկցիան իրենց բնույթով փոփոխող գենետիկական տարբերակների խումբը՝ բաղկացած կրճատող, սպլայս միացումների, միսսենս և կարգավորիչ տարբերակներից, որոնք ընտրվել են որոշակի վերլուծության վրա հիմնված չափանիշներով: Այս հետազոտության մեջ ներկայացվում է TSMR տարբերակների խմբի կանոնավոր հավաքման մոտեցումը և BRCA1 և BRCA2 գեների մուտացիոն սկրինինգի տվյալների կիրառումն ասոցացման մոդելավորված թեստերում՝ TSMR տարբերակների խմբի և դեպք-ստուգիչ մուտացիոն սկրինինգի ռազմավարությունը ցուցադրելու նպատակով: Наследственная предрасположенность высокого риска определяется путем анализа сцеплений. Многие гены промежуточного риска можно оценивать методами мутационного скрининга системы случай-контроль. С этой целью исследуют группу генетических вариантов, способных изменить функцию гена, включая сокращенные, сплайсинговые, мис-сенс и регулирующие варианты, отобранные с помощью специальных критериев. В настоящем исследовании представлена целесообразность применения системного подхода выбора группы вариантов TSMR с использованием данных мутационного скрининга BRCA1 и BRCA2 в моделируемых тестах ассоциаций.
Keywords: Biology; Genetics