High-resolution melt curve analysis as a high-throughput screening method of large genes - Babikyan, D. T. (ՀՀ ԳԱԱ հրատ.)
High-resolution melt curve analysis (HRM) has been recently introduced as a promising technique for genotyping and mutation scanning in diagnostics. To screen the full coding regions and splice junction sites of BRCA1 and BRCA2 genes, amplification and HRM of 90 PCR amplicons were performed on the LightScanner-32™ (BioFire Diagnostics Inc.) instrument. Sensitivity of the method was evaluated by analyzing 82 clinically damaging mutations distributed in different amplicons and specificity by blind screening of 15 patients for BRCA1 and BRCA2. All known heterozygous variants were detected on the LightScanner-32 by analysis on normal sensitivity setting. 7 DNA-sequence variants had been detected among 15 patients, which all were confirmed by Sanger sequencing. Therefore, HRM is a cost-efficient, sensitive method suitable for high-throughput mutation screening for diagnostic purposes, particularly for large genes such as BRCA1 and BRCA2. Բարձր թույլատրելիության հալման կորի վերլուծությունը (high-resolution melt curve analysis; HRM) վերջերս է ներկայացվել որպես խոստումնալից մեթոդ ախտորոշման բնագավառում գենոտիպավորման և մուտացիաների սկանավորման նպատակով: BRCA1 և BRCA2 գեների ամբողջ կոդավորող և սպլայս-հատվածների սկրինինգի նպատակով 90 PCR ամպլիկոնների ամպլիֆիկացիան և HRM վերլուծությունը իրականացվել է LightScanner-32™ (BioFire Diagnostics Inc.) սարքի միջոցով: Մեթոդի զգայնությունը գնահատվել է, վերլուծելով կլինիկորեն 82 մուտա-ցիաների բացահայտումը, որոնք տարածված են տարբեր ամպլիկոններում, իսկ սպեցիֆիկությունը՝ 15 հիվանդների BRCA1 և BRCA2 գեների կույր սկրինինգի միջոցով: Բոլոր հայտնի հետերոզիգոտ տարբերակները բացահայտվեցին սարքի նորմալ զգայնության կարգավորման դեպքում: 7 ԴՆԹ-հաջորդականության փոփոխություններ հայտնաբերվեցին 15 հիվանդների մոտ, որոնք բոլորն էլ հաստատվեցին Sanger-սեքվենավորման եղանակով: Այսպիսով, HRM ձեռնտու, զգայուն մեթոդ է, որը մատչելի է ախտորոշիչ նպատակներով մուտացիաների լայնածավալ սկրինինգի համար, մասնավորապես մեծ գեների պարագայում, ինչպիսին են BRCA1 և BRCA2: Анализ кривой плавления с высокой разрешающей способностью (HRM) был введен недавно как метод генотипирования и скрининга мутаций в диагностических целях. Для сканирования полных кодирующих и сплайсинговых областей генов BRCA1 и BRCA2 были проведены амплификация и последующий HRM анализ 90 PCR ампликонов, с применением системы LightScanner. Анализ 82 клинически патогенных мутаций в различных ампликонах позволил оценить чувствительность метода, а специфичность метода была оценена слепым скринингом генов BRCA1 и BRCA2 у 15 пациентов. Все известные гетерозиготные варианты были выявлены программой нормальной чувствительности прибора. Среди 15 пациентов были обнаружены 7 вариантов последовательностей ДНК, которые были подтверждены методом Sanger-секвенирования.
Keywords: Biology; Genetics